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Contra el academicismo institucionalizado que en cierto sentido ha monopolizado la enseñanza y el desarrollo de la filosofía, Eduardo Agüero ha optado por una postura a la que él mismo llama subversiva, comprometida más con las personas que con los programas o textos.
"Todos somos filósofos", afirma una y otra vez. Para conseguir que tomemos conciencia de esto, se ha propuesto implementar un tipo de enseñanza coherente con su "filosofía de la no-respuesta", dejando clara su perspectiva filosófica y educativa; siempre alejada de la tradicional reproducción y/o transformación mecánica de saberes o conocimientos: desmitificando, cuestionando, incluso confrontando.
Uno de sus más grandes empeños es sin duda el "desaprendizaje" de lastres que obstaculizan el libre pensamiento y se empeña en aclarar que no tiene respuestas. En realidad nadie tiene las respuestas. En eso estriba la importancia de su filosofía, solo hay preguntas.